В структуре ПАТП и ПОПАТ имеются следующие функциональные отделы.
Плановый отдел занимается вопросами планирования, учета, отчетности и анализа производственно-хозяйственной деятельности.
Бухгалтерия ведет учет движения материальных и денежных средств, занимается анализом производственно-финансовой деятельности.
Отдел кадров занимается подбором, оформлением на работу, увольнением сотрудников, учетом движения кадров, подготовкой и повышением квалификации кадров.
Отдел снабжения обеспечивает предприятие всеми видами материальных ценностей, учитывает реализацию фондов, организовывает работу складов. Административно-хозяйственный отдел ведает охраной и уборкой помещений, противопожарной безопасностью, текущим ремонтом помещений.
Отдел безопасности движения решает вопросы предупреждения дорожно-транспортных происшествий (ДТП), ведет систематическую воспитательную работу, планирует и претворяет в жизнь мероприятия по ликвидации причин, способствующих возникновению ДТП.